科学家已经确认，现代人类/智人大约 5 万年前走出非洲后，曾与尼安德特人和丹尼索瓦人杂交，他们的部分 DNA 至今仍留在现代人体内。这些发现得益于从化石中提取测序的古 DNA。但基因组中还有更早的混血痕迹，而那些已经灭绝的古人类，没有留下任何可供测序的遗传物质，他们对基因的贡献难以辨认。加州伯克利团队开发出通过祖先重组图估计追踪古老贡献（TRACE）的技术。它的原理是利用世界各地现代个体的全基因组数据，重建基因组中的家谱关系，即“祖先重组图”，描绘 DNA 片段如何经由共同祖先一路传递至今。研究人员在现代人类基因组中定位了来自两个未知远古祖先的 DNA 区域——一个是分化于约 80 万年前的“幽灵祖先”，“幽灵祖先”存在于所有现代人类之中，而非非洲人独有——每个现代人约有 0.5%-1% 的基因组来自这一谱系，规模与尼安德特人的贡献大体相当。另一个是距今 180 万年的“超级古老祖先”，它并没有直接与现代人类杂交，而是先与欧亚大陆的丹尼索瓦人混血。丹尼索瓦人后来又与智人通婚，将其中一小部分超古老 DNA 带进了现代人类。
